Das Beschwerdeverfahren richtet sich an alle beteiligten Personen (sorgeberechtige Eltern, Vormund, Kind/Jugendlicher, freier und öffentlicher Träger) und bietet diesen die Möglichkeit sich, etwa bei Pflicht- oder Standardverletzungen, an den Trägerkonferenz e.V. zu wenden. Seitens des Trägerkonferenz e.V. wird im Fall einer Pflichtverletzung durch einen Träger dieser kontaktiert, die Situation erörtert und in mehreren Schritten bearbeitet. Ziel ist es die Beschwerde einvernehmlich zu klären.
Wird die aufgezeigte Pflichtverletzung jedoch nicht behoben, kann der erweiterte Vorstand des Trägerkonferenz e.V. auch über den Ausschluss eines Trägers entscheiden.
Bei Beschwerden über den Trägerkonferenz e.V. selber wird entsprechend verfahren.
Für einen möglichen Konflikt zwischen zwei Mitgliedsträgern bietet der Trägerkonferenz e.V. Unterstützung in der Konfliktlösung an, auch hier wird bei dem Ausbleiben einer einvernehmlichen Lösung der erweiterte Vorstand einbezogen. Sollte es hier nicht gelingen zu einer gemeinsamen Lösung zu gelangen, wird die Mitgliederversammlung einbezogen.
Im Fall eines Konfliktes zwischen Träger und öffentlichem Träger (Jugendamt) besteht ebenfalls die Möglichkeit den Trägerkonferenz e.V. als Moderation einzubeziehen. 

Stufe 1:
Beschwerdeführer (in der Regel Jugendamt) wendet sich schriftlich unter Benennung des konkreten Beschwerdeanliegens an die Leitung des betroffenen Trägers

Stufe 2:
Beschwerdeführer wendet sich schriftlich an die Trägerkonferenz bzw. an die Fachberatung Erziehungsstellen der Trägerkonferenz (Frau Judith Pierlings E.V. (hilfreich ist der bisherige Schriftverkehr in dieser Angelegenheit)

Stufe 3:
Die Fachberatung wendet sich schriftlich an den Träger, Beweispflicht liegt beim Träger (schriftlich).  Es ist weiterhin Aufgabe der Fachberatung die Beschwerde in den erweiterten Vorstand zu geben, dieser beruft die Kommission (mindestens drei Personen, ungerade Zahl, ohne Beteiligung der betroffenen Träger und ohne Beteiligung der Fachberatung) ein und .V. bietet dem Träger ein Beratungsgespräch mit der Kommission an.

Stufe 4:
Träger muss innerhalb der von der Kommission gesetzten Frist (in der Regel 3 Monate) die Umsetzung des Standards gewährleisten.

Stufe 5:
Gespräch mit Kommission, Aufzeigen von Konsequenzen, Aufzeigen von Lösungen

Stufe 6:
Kommission beschließt Ausschluss. Alle Jugendämter sowie die gesamte Trägerkonferenz werden informiert. Beschwerdeführer wird laufend über das Verfahren informiert.